重点领域体制改革 为体现大部门体制改革的要求，2013年，市机构编制委员会办公室在港航机构下放乐清市管理后，设定了机构设置，制定了运行机制，建立了乐清市港航管理局，并将该局定为市交通运输局管理的承担行政职能的事业单位；对市河道综合整治部门的职责关系开展专项调研，理清了部门间的相互职责关系，设立了市河道综合整治办公室，负责乐琯运河及全市骨干河道的综合整治工作；把市食品安全委员会办公室从原设在市卫生局调整到与市药品监督管理局合署办公，提高现有食品安全领域方面的综合协调能力，使原先的关系不顺状况得到了改善；理顺全市旅游管理体制，整合旅游资源，撤销了市灵山风景管理处，将市中雁荡山风景旅游管理委员会合并到市风景旅游管理局。

中心镇（街道）管理体制改革

重新梳理都市型功能区的机构设置、职责划分，合理划分功能区和中心镇（街道）的事权，并对五大功能区及相关中心镇（街道）进行了调研，形成了调研评估报告，对事权划分及下步的机构设置提出了相关建议。完成了柳市镇综合执法机构的设置。整合原市政府有关部门派驻柳市镇的相关行政执法机构，组建了乐清市柳市镇综合执法中队；对涉及柳市镇行政区域内的行政执法职权实行委托行政执法，原市政府有关部门派驻柳市镇执法机构的人员整合到柳市镇综合执法中队，整合人员编制和行政隶属关系不变。

机构编制总量控制 对工作职能相近、工作量不足、规模偏小的机构予以整合，对职责任务萎缩或有大量空编的单位，及时核减编制。2013年全市事业机构新增10个、撤销62个，累计减少52个；事业编制新增116名、核减122名，累计减少6名。整合镇（街道）下属原按行业设立的各类事业机构和人员，重新梳理职能，把全市9镇8街道的各下属的5个事业中心整合为1个综合事业服务中心，减少人员，降低协调成本，提高了服务效率，方便了社会民众办事。

事业单位改革 做好事业单位分类服务工作，按上级编委的要求，对全市强制戒毒所等16家公益类事业单位重新核定分类，并报温州市审核同意，其中有2家事业单位由公益类变更为承担行政职能类事业单位，市机关服务中心由公益二类调整为公益一类。召开事业单位法人治理机构试点工作联席会议，制订《工作实施方案》，确定乐清中学、市第二人民医院为第一批试点单位并顺利建立了第一届理事会。完成了2012年度370家事业单位的法人证书年检，年检率达100%。全年办理事业单位法人证书变更79家、补领5家、注销2家，新设立事业单位法人登记14家；完成了47家机关事业单位的中文域名注册续费工作，总条数为119条。

机构编制实名制管理 与省实名制管理系统实行对接连通并正式运行。组织全市机关事业单位110多名人事干部进行实名制管理培训，利用省机构编制委员会办公室的实名制管理系统，共导入25100多名行政事业人员信息，共整理历年编制文件1158件（最早的为1976年），建立机关事业台账1193个。利用现有政府OA系统和VPN技术两种操作手段，进行分类全覆盖，实现了机构编制管理的“五清”目标（机构清、职能清、编制清、性质清、人员清）。创新建立用编核准制度，全市机关事业单位的人员调动，必须先向市编委办申请编制，经审核核准后领取《用编计划核准单》，再由组织、人力社保部门凭核准单研究确定。全年共办理人员入编1193名，医疗审核新录用人员600余名；核减解聘、退休等各类人员311名。全年参与审核了90多个机关事业单位的5000多名人员的考绩发放和9镇8街道考绩奖发放的核准；审核完成了市国土和住建部门派出机构、关工委、军队离退休管理办公室等机构的共303名人员的分流工作。

国资营运公司机构改革 推进国资营运公司机构改革的相关配套工作，理顺国资营运公司管理体制，印发了《关于市级国资营运公司实行用编计划核准及机构编制实名制管理的通知》，对国资营运公司用编计划实行审核管理，用编计划核准一年一报，经主管单位、市国资办审核后报市编委办审批，对未申报或逾期未报的，视作年度不要求用编计划。以增人计划核准为主要手段，确保国资营运公司机构、实有人员与按照规定权限审批的机构、员工编制相对应；对国资营运公司的具体职责分工，市编委办组织实施实名制日常管理，建立了《乐清市国资营运公司员工登记信息数据库》，市人力社保局根据用编计划办理新增人员录（聘）用手续，市国资办负责员工结构比例、员工入编和增人计划的审核工作。2013年完成了国投公司、中心区公司、港投公司和开发区公司的“三定”工作。