雁荡山管委会设9个职能局（室）。
　　（一）办公室（法制办公室）
　　负责协助管委会领导处理机关日常事务；负责上级党委政府的决议、决定的贯彻落实工作；负责机关的文秘、信息、督查、保密、档案、对外联络、办公自动化和政策调研等工作；负责接待、行政后勤、重大活动、会议会务等工作；协助做好有关内外宾的警卫工作和国家安全工作；负责组织实施管委会年度工作目标的绩效考核工作。根据管委会党委、管委会总体工作要求，对辖区法制工作作出全局性部署，并督促贯彻落实；负责辖区执法责任制的落实和行政执法监督工作，指导协调行政执法听证事宜和行政复议、行政应诉等工作；负责行政执法人员执法证件的申办、备案和年检工作。

（二）人力资源局
　　负责贯彻执行国家和省、市有关人事、劳动和社会保障工作的方针政策及法律法规规章；负责指导、协调党的基层组织建设，编制党建工作计划，负责党员的管理和发展工作；组织指导辖区的宣传、统战工作和精神文明建设；按干部管理权限，协助管理管委会所属单位的干部培养、考察、选拔、任免、教育、奖惩和交流工作；负责和指导机关及其直属企事业单位的劳动人事和社会保障等工作；负责党员、干部、职工因公因私出国（境）的相关政审工作；负责组织实施对所属单位领导班子的考核工作和所属事业单位的年度考核工作；负责管委会机关及其直属企事业单位离退休人员管理工作；组织申报专业技术职务评定及资格考试、专业技术岗位的设置、专业人员继续教育和职工职业技能培训事项；负责各类人才资源开发计划的编制和人才引进工作；承办就业管理、劳动合同鉴证、劳动监察和劳动年检工作；协助有关部门做好社会保险统筹、劳动争议仲裁等工作。负责指导协调旅游从业人员的培训工作。
　　（三）经济发展改革局（招商局、行政审批办公室）
　　负责贯彻执行国家和省、市政府有关经济、科技、统计、物价等方面的法律、法规、规章规定；负责编制所辖区域的经济社会发展计划并组织实施；负责所辖区域经济发展工作的指导、协调和服务，组织经济总体发展情况的调查研究和信息综合，研究促进雁荡山经济发展的相关政策；负责投资建设项目、技术改造计划编制及项目的立项、审核、审批和申报；负责建立经济社会发展统计指标体系，制订统一的基本统计报表制度，统一对外提供和发布统计信息；负责物价管理工作并核发有关价格许可证、登记证、备案证；负责雁荡山经济对外交流合作和招商引资工作，研究制定并组织实施管委会招商引资发展战略、政策措施及吸引外来投资规划和目标，编制、修订鼓励投资产业目录，建立和管理招商引资项目库，协调办理招商引资项目审批；负责管委会重大经济发展项目的前期谈判、可行性研究、项目立项储备、编制招商计划等工作；负责组织实施管委会行政审批服务工作。
　　（四）社会事务局
　　负责会同相关部门组织制订雁荡镇的经济社会发展中长期规划，明确经济发展总体布局和产业布局，制订和组织实施全镇农业、农村、社区等城市化建设规划和措施；负责全镇社会事务管理、基层政权建设和组织建设；负责全镇的经济建设、精神文明建设、新农村新社区建设；负责辖区城乡统筹改革和发展，加快推进农房改造和集聚，大力推进农业结构调整，加快推进产业转型升级，做大做强优势特色产业，加强扶贫开发和公共服务；加强社会治安综合治理和公共安全管理，增强信访和矛盾纠纷调解处置能力，维护社会稳定；管理行政区域内的教育、科技、卫生、体育和民政、交通、司法、人口计生、流动人口、爱国卫生、安全生产、节能等各项行政工作；负责配合协助辖区内行政执法和部门委托给乡镇的行政执法工作；负责辖区的民主法制建设，指导村、社区等自治组织建设。
　　（五）规划国土建设局（乐清市住房和城乡规划建设局雁荡山分局、乐清市国土资源局雁荡山分局）
　　贯彻执行国家和省、市有关住房和城乡规划建设的法律法规和方针政策；组织编制风景区总体规划，负责编制辖区内的城乡规划和专项规划，并依法实施城乡规划建设管理；会同有关部门组织审核辖区内的总体规划，并负责详细规划、村庄规划、专项规划的审核工作；负责辖区内的建设用地、建设工程、建筑施工审批管理；依法核发建设项目选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证，乡村建设规划许可证和建筑工程施工许可证；负责辖区范围内建设工程方案审核、工程扩初设计审批和招投标管理；负责辖区范围内建设工程质量、施工安全和建筑制品质量管理；调查处理辖区范围内工程质量安全重大事故；负责组织对辖区内建筑工程的竣工验收；负责辖区内《商品房预售证》发放，负责辖区内物业管理；负责外来企业进辖区内承接业务登记备案；负责编制并组织实施所辖区域的土地利用总体规划，执行土地利用年度计划；负责承办土地使用权划拨、置换、租赁等的审核、报批，依法做好土地登记，核发《国有土地使用证》，并负责建设用地审核报批、征地调查和编制征地方案，组织实施征地报批等国有土地管理工作。负责组织实施所辖区域的交通、通讯、电力、供水等市政工程及公共基础设施建设。
　　（六）资源环境保护局
　　负责制定和组织实施自然环境资源保护规划，严格保护各类风景旅游资源；负责所辖区域的森林防火、绿化美化、水利资源开发、野生动植物、水生动物、海洋资源等保护工作；负责雁荡山世界地质公园主园区的保护管理建设和对外交流工作，承担协调管理雁荡山世界地质公园东西园区的日常工作；负责所辖区域各类已建市政公用设施的监管、维护和保养工作；承办所辖区域的市容市貌、环境卫生等事务性工作；负责编制、报批并组织实施环境保护规划，协同开展环境监测和环境保护工作；按管理权限审核、报批所辖区域的建设工程环境影响评估工作；负责排污申报登记工作，征收排污费；负责所辖区域内各类广告标志牌设置的审核、审批工作。
　　（七）财政局（国有资产监督管理办公室）
　　负责贯彻执行国家和省、市有关财政、资金、财务管理等方面的法律、法规、规章和规定；负责管委会财政预算和财政信用管理、行政事业性收费和预算外资金管理；负责行政事业财务、基本建设财务的监督管理；负责直属企事业单位财务的业务指导和监督管理，指导监督旅游发展集团筹集建设发展资金；负责相关的会计事务和财政部门监制各类票据的管理；负责财政预算收入的管理，组织核算接转税收和规费收入，控制和合理安排支出，确保财政收支平衡；负责内部审计工作，审查监督各部门和直属单位的财政（务）收支，指导和监督各企事业单位开展内部审计工作，审计监督各项基金、贷款、捐助或援助资金的财务收支；指导和监督大宗办公设备、物品的集中采购工作；负责管委会建设项目的投资管理工作，审计监督建设项目预算的执行情况和决算；负责管理各级政府下达管委会的资金划转、一般性转移支付、各种补助、社会保障等资金。
　　（八）旅游开发管理局
　　负责协同编制雁荡山旅游产业专项发展规划；负责旅游资源和旅游产品的开发利用、研发申报工作；负责审批旅游服务经营项目；负责旅游客源市场的开发，制定实施旅游客源市场的开发战略、中长期规划，组织旅游形象品牌策划、对外宣传推介工作；组织指导雁荡山5A级旅游景区的创建巩固工作；负责旅游行业安全生产等管理和统计工作；负责旅行社、导游审核和年检工作；负责旅游饭店一、二星级的评定和三、四、五星级饭店的申报工作。
　　（九）文化宗教局
　　负责雁荡山文化的保护延续和开发建设工作，制定并组织实施人文资源保护开发利用的中长期规划及年度计划；负责雁荡山历史文化和宗教文化的保护和挖掘工作，承担雁荡山历史文化典籍保护和旅游文化产业开发工作；负责管理雁荡山各类文物资源和各级文保单位；指导辖区各类社会文化事业的建设，协调、指导民间文化艺术、群众文化艺术事业的发展，管理辖区重大文化活动；协同管理、指导辖区博物馆、纪念馆、陈列室的规划建设、陈列展览和对外开放工作；审核、管理各组织、个人开办的博物馆、陈列室及民间收藏；协同管理辖区文化、文物市场；负责辖区全国重点文物保护单位、省级文物保护单位的申报和温州市级文物保护单位的审核报批工作；负责辖区宗教业务工作，依法保护宗教团体和宗教活动场所的合法权益，依法保护信教群众正常的宗教活动；指导宗教活动场所加强民主管理，开展精神文明创建活动；引导宗教界积极支持社会公益事业，为社会主义“两个文明”建设服务；组织实施对宗教界人士的爱国主义、社会主义和法制教育；正确区分和处理宗教方面发生的矛盾，做好疏导工作，教育、团结、争取宗教界人士和信教群众，维护宗教领域的稳定；做好民间信仰事务管理工作；协助做好国家和省、市级重点文物的寺观教堂的修建和保护工作。