至2016年底，全市共有医疗卫生机构995家，其中县级公立医院6家（包括妇幼保健院、中医院）、民营医院15家、疾病预防控制中心1家、卫生监督所1家、120急救指挥中心1家、卫生院（社区卫生服务中心）34家、社区卫生服务站76家、村卫生室495家、个体诊所280家、门诊部69家、医务室8家；共有卫技人员7831人，其中注册执业医师和执业助理医师4118人、注册护士（师）3045人；共有核定床位数3845张（每千人床位数2.7张）。

2016年，乐清市国家卫生城市创建顺利通过省级考核，并通过国家暗访。完成了《乐清市卫生和计划生育事业发展“十三五”规划》编制工作。积极推进平安、维稳、安全生产工作，扎实做好G20杭州峰会维稳安保工作，均取得较好成绩。微电影《医路花开》《别娶药师当太太》获得第三届“中国梦·劳动美”全国职工微影视大赛优秀奖，微电影《吉祥之家》在2016年浙江省医院药学学术年会上获患者教育视频大赛“最佳人气奖”。